El eeprom_clear olvídate. Es para borrar la eeprom interna del arduino, y en tu caso no sirve porque tanto el programa como el bootloader están en la flash... Lo raro es que al cargar otro programa no ...
Si estás aquí, es porque quieres saber más acerca de Arduino y todo lo que puedes hacer con uno de estos dispositivos. Y es que los proyectos con Arduino son tan extensos y variados que te permiten ...